براین اساس سرعت بخشیدن به پروژه اتصال این منطقه به راه آهن سراسری که به عنوان یک طرح ملی مورد تأکید رییس جمهورمحترم می باشد،همکاری در مسیر اجرای ماده 65 احکام دائمی توسعه در قالب همکاری ادارات تابعه وزارت راه و شهرسازی در استان، کمک وزارتخانه در مسیر اعمال قوانین مناطق آزاد در مقابل تسری مصوبات سرزمین اصلی به ویژه در حوزه بنادر کاسپین و انزلی که در محدوده این منطقه واقع شده و در نهایت ترسیم افق های جدید همکاری در جهت بهره برداری از راه آهن رشت به منطقه آزاد انزلی، مهمترین محورهای گفتگو و توافق  مدیرعامل سازمان و وزیر راه و شهرسازی را در برگرفت.

بنابراین گزارش سازمان منطقه آزاد انزلی هم اکنون دو تفاهم نامه همکاری با دو معاونت وزارت راه و شهرسازی در حوزه بندری و ریلی در حال اجرا دارد که براساس تفاهم نامه همکاری مشترک با شرکت ساخت و توسعه زیربناهای حمل و نقل کشور مسیر ریلی  رشت به مجتمع بندری کاسپین این منطقه در حال ساخت بوده و تفاهم نامه همکاری با سازمان بنادر و دریانوردی نیز در زمینه ارايه خدمات بندری و دريايی می باشد.