علي مطهري نماينده مردم تهران در مجلس شوراي اسلامي با ارائه تحليلي از راي مجلس به استيضاح وزير علوم، غيبت رئيس‌جمهور در روز استيضاح را خطا دانست.
مطهري در گفت‌و‌گو با  ايسنا ،‌ برکناري وزير علوم را يک نقطه منفي براي مجلس نهم توصيف کرد و گفت که فرجي‌دانا قرباني رقابت‌هاي سياسي شد.
مشروح اين گفت‌وگو به شرح زير است:
- نظر شما درباره عزل آقاي فرجي دانا از وزارت علوم توسط مجلس چيست؟
به نظر من اين عزل يک نقطه منفي براي مجلس نهم است، چون اشکالات کار آقاي فرجي دانا در حد استيضاح و برکناري نبود و ايشان مظلوم واقع شد و قرباني رقابت‌هاي سياسي شد چون اصل حرف محرکان استيضاح که ممکن است در بيرون مجلس هم باشند اين است که دانشگاه‌ها بايد تحت کنترل ما باشد و فضاي امنيتي گذشته بر آنها همچنان بايد باقي بماند و افزايش آزادي بيان در دانشگاه‌ها را مضر به حال نظام مي‌دانند، در حالي که اين طور نيست و نگراني آنها بي‌جاست. البته محرکان اين استيضاح به هدف خود نرسيدند چون آقاي نجفي همان راه را با سرعت بيشتري ادامه مي‌دهد و سياسي‌تر از آقاي فرجي داناست.
- چرا شما از وزير علوم دفاع نکرديد؟
مي‌دانيد که در مجلس اين طور نيست که ما هر وقت بخواهيم بتوانيم حرف بزنيم. در استيضاح، فقط دو تن از نمايندگان مخالف استيضاح به انتخاب وزير و به طور کلي دولت مي‌توانند صحبت کنند. من از سه روز قبل به مسئولان مربوط دولتي گفته بودم که آماده‌ام از وزير علوم دفاع کنم و نکات مهمي را آماده کرده‌ام اما آنها دو نفر ديگر را معرفي کردند، حتما ملاحظاتي داشته‌اند. اما توجه نداشتند که در مقابل افرادي مثل آقايان زاکاني و نادران که تجربه چند استيضاح را دارند بايد افراد با تجربه صحبت کنند.
- رفتار دولت را در اين استيضاح چگونه ديديد؟
دولت ضعيف عمل کرد. ارتباط قوي و گسترده با نمايندگان نداشت. رئيس‌جمهور هم در جلسه شرکت نکرد و اين خطا بود. من پيغام داده بودم که ايشان حتي پنج دقيقه حضور پيدا کند و چند جمله سخن بگويد و بعد به سفر استاني برود ولي نيامدند. در انتخاب دو نماينده مخالف استيضاح هم خوب عمل نکردند. خلاصه دولت به گونه‌اي رفتار کرد که گويي عزل وزير برايش چندان مهم نبود، در حالي که با اندکي تلاش بيشتر و تغيير رأي 10 نماينده مي‌شد اين اتفاق نيفتد. آقاي فرجي دانا در مجموع خوب از خودش دفاع کرد گرچه در نيم ساعت آخر اگر بيشتر به شبهاتي که در ذهن نمايندگان بود پاسخ مي‌داد بهتر بود تا اين که در بخشي از آن به تشريح نمودارهاي حاکي از رشد علمي کشور مي‌پرداخت.
- رفتار استيضاح کنندگان را چگونه ارزيابي مي‌کنيد؟
استيضاح کنندگان در برخي موارد اخلاق اسلامي را رعايت نکردند، مثلا چند جمله‌اي که از آقاي توفيقي روي مانيتور مجلس پخش کردند، توضيح ندادند که آن جلسه يک روز بعد از حمله به کوي دانشگاه بوده و دانشجويان حاضر که دوستانشان در آن حادثه مصدوم يا بازداشت شده و وسايل اتاقشان تخريب شده بود در حال انفجار براي ريختن به خيابان بودند و وزير وقت علوم و رئيس دانشگاه تهران از آقاي توفيقي خواسته بودند که بيايد دانشجويان را کنترل و مديريت کند و حتي نماينده ولي فقيه در دانشگاه‌ها نيز در آن جلسه حضور داشته است. اين کارها بداخلاقي سياسي و استفاده از وسيله نامقدس براي هدف مقدس است که اسلام اجازه نمي‌دهد.
- عملکرد فراکسيون رهروان‌ولايت را در اين استيضاح چگونه ديديد؟
فراکسيون رهروان فعال نبود. مي‌توانست جلسه‌اي با وزير بگذارد و روي نمايندگان اثرگذاري کند ولي اين کار را نکرد. گويي توافق نانوشته‌اي با فراکسيون ديگر داشتند و به گونه‌اي رفتار کردند که برکناري وزير برايشان مهم نبود. در حالي که اگر دنبال حق بودند بايد با جديت از وزير دفاع مي‌کردند چون اين مسئله لااقل براي سرانشان روشن بود که اين استيضاح سياسي و ناشي از جنگ قدرت است.